Система раздельного питания была создана известным американским врачом Гербертом Шелтоном. В своей работе Шелтон опирался на исследования, проведенные русским физиологом Иваном Павловым.

Еще в конце 19 века Павлов говорил о том, что для расщепления различных пищевых продуктов необходимы определенные ферменты, находящиеся в различных отделах желудочно-кишечного тракта. Герберт Шелтон, развивая мысль российского ученого, начал говорить о том, что нормальное питание с сочетанием различных продуктов ведет к тому, что они не усваиваются организмом. Согласно Шелтону, для усваивания различных веществ требуются определенные условия, поэтому совмещение различных по составу продуктов приводит к тому, что они поступают в нижние отделы пищеварительной системы плохо обработанными. А это может способствовать отложению жира, увеличивает нагрузку на поджелудочную железу, а сами непереваренные остатки пищи могут скопиться в толстой кишке и привести к развитию целого ряда заболеваний.

Сегодня система раздельного питания Герберта Шелтона пользуется достаточно большой популярностью, не смотря на то, что некоторые ее постулаты уже были опровергнуты с научной точки зрения. Так, Шелтон говорил, что люди страдают от аллергии, а не от неусвоения пищи. Таким образом, если верить этому ученому, аллергия является белковым отравлением. Однако уже давно доказана то, что аллергия - иммунное заболевание, не имеющее никакого отношения к порядку приема пищи.

Современные диетологи опровергают еще один догмат теории Шелтона, связанный с тем, что для усвоения углеводов и жиров организмом необходима щелочная среда, а для белков — кислая. На данный момент доказано, что пищеварительный процесс построен намного сложнее и в нем задействовано сразу несколько ферментных систем, среди которых слюна, желудочный и кишечный соки, желчь, секрет поджелудочной железы. Поэтому и переваривание разных продуктов различно в желудочно-кишечном тракте по времени и месту проведения. Таким образом, в здоровом организме процессы усвоения разных видов пищи проходят параллельно, абсолютно не мешая друг другу.

Ведущие врачи-диетологи говорят о том, что раздельное питание не относится к лечебным программам питания. По их мнению, нет никаких достаточных физиологических обоснований для того, чтобы утверждать обратное.

Пищеварительная система человека веками эволюции была подготовлена к смешанному питанию. Кроме того, даже в природе существует достаточно мало монопродуктов, основная их масса - это сочетание белков, жиров и кислот.
Однако нельзя также говорить о том, что современная медицина является категорическим противником использования «метода Шелтона». Его основные принципы такие, как «мягкая» обработка продуктов, частый прием пищи в малых количествах, употребление большого количества овощей и фруктов в рационе полностью поддерживаются диетологами.